Таргетное секвенирование - технология AmpliSeq

AmpliSeq™ - это технология ультрамультиплексной ПЦР сопряженная с последующим секвенированием. AmpliSeq™ - это оптимальный метод для массового скрининга большого количества мишеней. Панели AmpliSeq™ применимы для секвенирования инделов (до 50 п.о.) и SNP, групп генов, молекул РНК; существует панель для секвенирования экзома человека. Так же мы предлагаем значительное количество готовых фирменных и пользовательских AmpliSeq™ панелей, доступных к использованию: для исследований в области наследственных заболеваний, онкологии, инфекционных заболеваний, микробиологии и фармакогеномики. Также можно при помощи он-лайн ресурса Ion AmpliSeq™ Designer (ampliseq.com) сформировать собственную панель, представляющую собой мультиплексный пул праймеров.

Для поиска генетических вариантов и оценки экспрессии генов достаточно 10 нг ДНК/РНК на 1 реакцию.

Создание библиотек методом AmpliSeq™, секвенирование на платформах Ion Torrent™ и анализ в Torrent Suite™ и Ion Reporter™ делают метод таргетного секвенирования простым, удобным и быстрым в использовании при решении рутинных и исследовательских задач.

Правильная диагностика наследственных, онкологических и инфекционных заболеваний крайне важна – она помогает правильно подобрать лечение либо планировать беременность.

Технологии секвенирования нового поколения позволяют одновременно исследовать множество генов для поиска интересующих исследователя мутаций. Технология ультрамультиплексной ПЦР, сопряженная с последующим секвенированием AmpliSeq™ – это оптимальный метод для массового скрининга большого количества мишеней. С помощью панелей Ion AmpliSeq можно изучать патогены и инфекции, проводить диагностику наследственных и онкологических заболеваний, осуществлять идентификацию личности методом NGS на приборах бренда IonTorrent.

Создание библиотек методом AmpliSeq™ и секвенирование на приборах Ion Torrent™ применяется для широкого круга приложений:

  • секвенирование целых генов (или экзонов генов) для поиска новых полиморфизмов
  • анализ экспрессии РНК в мультиплексе
  • секвенирование геномов микроорганизмов
  • анализ копийности участков генома
  • поиск соматических мутаций
  • анализ мутаций, связанных с наследственными заболеваниями
  • секвенирование экзомов
  • секвенирование транскриптомов

AmpliSeq™ поддерживает режим автоматической подготовки библиотек. Роботизированая станция Ion Chef™ позволяет в автоматическом режиме готовить 8 библиотек AmpliSeq™ за один запуск.

Таким образом, создание библиотек методом AmpliSeq™, секвенирование на платформах Ion Torrent™ и анализ в Torrent Suite™ и Ion Reporter™ делают метод таргетного секвенирования простым, удобным (работа легко масшабируется – от работы с одним геном до работы с тысячами генов) и быстрым в использовании при решении рутинных и исследовательских задач.

Упростить проведение исследования помогут уже готовые панели. На сегодняшний день существуют следующие готовые панели AmpliSeq™:

Набор для секвенирования экзома Ion AmpliSeq™ Exome Panel

Панель содержит 293,903 ампликонов в 12 пулах, для секвенирования экзома человека.

Для постановки реакции достаточно 20 нг ДНК – 10 нг на 1 пул праймеров (всего для амплификации библиотеки используется 2 пула праймеров).

Набор для изучения наследственных заболеваний Ion AmpliSeq™ Inherited Disease Panel

Панель содержит ампликоны в 3 пулах: пул 1 – 3447; пул 2 – 3438; пул 3 – 3424 ампликона для изучения мутаций, ответственных за возникновение более чем 700 наследственных заболеваний (мутации выбраны из базы данных NCBI ClinVar). Средняя длина ампликона составляет 197 п.о.

Для постановки реакции достаточно 30 нг ДНК – 10 нг на 1 пул праймеров (всего для амплификации библиотеки используется 3 пула праймеров).

Панель для анализа гена CFTR Ion AmpliSeq CFTR Panel (исследование муковисцидоза)

Набор предназначен для изучения муковисцидоза, в частности мутаций в гене CFTR, вызывающих это заболевание. Панель содержит ампликоны в 2 пулах: пул 1 – 50 ампликонов, пул 2 – 52 ампликона. Эти 102 ампликона покрывают больше160 мутаций в гене CFTR, взятых из базы данных CFTR2.org.

Для постановки реакции достаточно 20 нг ДНК – 10 нг на 1 пул праймеров (всего для амплификации библиотеки используется 2 пула праймеров).

Панель для исследования деменции Ion AmpliSeq Dementia Research Gene Panel

Набор предназначен для изучения деменции (приобретенного слабоумия), в частности позволяет исследовать мутации в генах PRNP, PSEN1, PSEN2, APP, GRN, MAPT, TREM2, CHMP2B, CSF1R, FUS, ITM2B, NOTCH3, SERPINI1, TARDBP, TYROBP, VCP, SQSTM1, вызывающих это заболевание. А так же оценить количество повторов в генах C9orf72 и PRNP. Панель содержит ампликоны в 2 пулах: пул 1 – 109 ампликонов, пул 2 – 105 ампликонов.

Для постановки реакции достаточно 20 нг ДНК – 10 нг на 1 пул праймеров (всего для амплификации библиотеки используется 2 пула праймеров).

Ion AmpliSeq Cardiovascular Panel для исследования сердечно-сосудистых заболеваний

Панель покрывает 404 гена, для которых доказана роль в возникновении сердечнососудистых заболеваний и 94 не кодирующих белок локусов также влияющих на возникновение данных заболеваний. При этом среднее покрытие 1 гена составляет 99.4%, а процент прочтений на одну мишень составляет - 97%.

Для постановки реакции достаточно 20 нг ДНК – 10 нг на 1 пул праймеров (всего для амплификации библиотеки используется 2 пула праймеров). Пул 1 содержит 5222 ампликона, пул 2 – 5208 ампликонов, средняя длина ампликона составляет 254 п.о.

Гематологическая панель Ion AmpliSeq Hematology Panel

Панель покрывает 394 гена, для которых доказана роль в возникновении гематологических болезней и 161 не кодирующий белок локус, которые также влияют на возникновение данных заболеваний.

Для постановки реакции достаточно 20 нг ДНК – 10 нг на 1 пул праймеров (всего для амплификации библиотеки используется 2 пула праймеров). Пул-1 содержит 3722 ампликона, пул-2 – 3712; средняя длина ампликона составляет 253 п.о. При этом среднее покрытие 1 гена составляет 99.5%.

Неврологическая панель Ion AmpliSeq Neurological Panel

Панель покрывает 751 ген, мутации в которых вызывают неврологические заболевания, с наследованием по Менделю.

Для постановки реакции достаточно 20 нг ДНК – 10 нг на 1 пул праймеров (всего для амплификации библиотеки используется 2 пула праймеров). Пул-1 содержит 9045 ампликонов, пул-2 – 9032; средняя длина ампликона составляет 254 п.о. При этом среднее покрытие 1 гена составляет 99.4%.

Офтальмологическая панель Ion AmpliSeq Ophthalmic Panel

Панель покрывает 316 генов, мутации в которых вызывают офтальмогические заболевания. Также она включает 161 не кодирующий белок локус, которые также влияют на возникновение данных заболеваний и 14 локусов, изменение тандемных повторов в которых может привести к возникновению заболевания: AFF2, AR, ATN1, ATXN7, ATXN8OS, ATXN3, CACNA1A, CSTB, DMPK, HTT, JPH3, PABPN1, PPP2R2B, TBP.

Для постановки реакции достаточно 20 нг ДНК – 10 нг на 1 пул праймеров (всего для амплификации библиотеки используется 2 пула праймеров). Пул-1 содержит 3619 ампликонов, пул-2 – 3604; средняя длина ампликона составляет 253 п.о. При этом среднее покрытие 1 гена составляет 99.4%.

Панель для исследования глухоты Ion AmpliSeq Deafness Panel

Панель покрывает 126 генов, мутации в которых вызывают потерю слуха.

Для постановки реакции достаточно 20 нг ДНК – 10 нг на 1 пул праймеров (всего для амплификации библиотеки используется 2 пула праймеров). Пул-1 содержит 1770 ампликонов, пул-2 – 1750; средняя длина ампликона составляет 254 п.о. При этом среднее покрытие 1 гена составляет 99%.

Дерматологическая панель Ion AmpliSeq Dermatology Panel

Панель покрывает 222 гена, мутации в которых вызывают дерматологические заболевания.

Для постановки реакции достаточно 20 нг ДНК – 10 нг на 1 пул праймеров (всего для амплификации библиотеки используется 2 пула праймеров). Пул-1 содержит 2496 ампликонов, пул-2 – 2468; средняя длина ампликона составляет 254 п.о. При этом среднее покрытие 1 гена составляет 99,4%.

Панель для исследований дизморфизма-дисплазии Ion AmpliSeq Dysmorphia-Dysplasia Panel

Панель покрывает 519 генов, мутации в которых вызывают дисморфизм/дисплазию тканей.

Для постановки реакции достаточно 20 нг ДНК – 10 нг на 1 пул праймеров (всего для амплификации библиотеки используется 2 пула праймеров). Пул-1 содержит 6288 ампликонов, пул-2 – 6270; средняя длина ампликона составляет 253 п.о. При этом среднее покрытие 1 гена составляет 98.8%.

Эндокринологическая панель Ion Research Panel AmpliSeq Endocrine

Панель покрывает 340 генов, мутации в которых вызывают эндокринные заболевания.

Для постановки реакции достаточно 20 нг ДНК – 10 нг на 1 пул праймеров (всего для амплификации библиотеки используется 2 пула праймеров). Пул-1 содержит 3191 ампликонов, пул-2 – 3168; средняя длина ампликона составляет 254 п.о. При этом среднее покрытие 1 гена составляет 99%.

Панель для гастроэнтерологических исследований Ion AmpliSeq Gastrointestinal Research Panel

Панель покрывает 194 гена, мутации в которых вызывают гастроэнтерологические заболевания.

Для постановки реакции достаточно 20 нг ДНК – 10 нг на 1 пул праймеров (всего для амплификации библиотеки используется 2 пула праймеров). Пул-1 содержит 2060 ампликонов, пул-2 – 2043; средняя длина ампликона составляет 255 п.о. При этом среднее покрытие 1 гена составляет 99,4%.

Панель для исследования врожденных дефектов метаболизма Ion AmpliSeq Inborn Errors of Metabolism Panel Research Panel v2

Панель покрывает 594 гена, для которых доказана роль в возникновении дефектов метаболизма. При этом среднее покрытие 1 гена составляет 99.2%, а процент прочтений на одну мишень составляет - 97%.

Для постановки реакции достаточно 20 нг ДНК – 10 нг на 1 пул праймеров (всего для амплификации библиотеки используется 2 пула праймеров). Первый пул содержит 4855 ампликонов, а второй – 4826 ампликонов. Средняя длина ампликона составляет 254 п.о.

Панель для исследования первичного иммунодефицита Primary Immune Deficiency Research Panel v2 

Панель покрывает 264 гена, для которых доказана роль в возникновении дефектов иммунной системы. При этом среднее покрытие 1 гена составляет 99.8%.

Для постановки реакции достаточно 20 нг ДНК – 10 нг на 1 пул праймеров (всего для амплификации библиотеки используется 2 пула праймеров). Первый пул содержит 2627 ампликонов, а второй – 2614 ампликонов. Средняя длина ампликона составляет 243 п.о.

Пульмонологическая панель Ion AmpliSeq Pulmonary Panel

Панель покрывает 131 ген, для которого доказана роль в возникновении дефектов дыхательной системы. При этом среднее покрытие 1 гена составляет 99.8%.

Для постановки реакции достаточно 20 нг ДНК – 10 нг на 1 пул праймеров (всего для амплификации библиотеки используется 2 пула праймеров). Первый пул содержит 1693 ампликонов, а второй – 1672 ампликонов. Средняя длина ампликона составляет 254 п.о.

Панель для исследования болезней почек Ion AmpliSeq Renal Panel

Панель покрывает 154 гена, для которых доказана роль в возникновении заболеваний почек. При этом среднее покрытие 1 гена составляет 99.5%.

Для постановки реакции достаточно 20 нг ДНК – 10 нг на 1 пул праймеров (всего для амплификации библиотеки используется 2 пула праймеров). Первый пул содержит 2175 ампликонов, а второй – 2157 ампликонов. Средняя длина ампликона составляет 254 п.о.

Панель для исследования туберкулеза Ion AmpliSeq TB Panel

Панель покрывает 8 генов, ассоциированных с антимикробной устойчивостью (embB, eis, gyrA, inhA, katG, pncA, rpoB, rpsL).

Для постановки реакции достаточно 20 нг ДНК – 10 нг на 1 пул праймеров (всего для амплификации библиотеки используется 2 пула праймеров). Первый пул содержит 55 ампликонов, а второй – 54 ампликона.

Панель для исследования вируса Эбола Ion AmpliSeq Ebola Panel

Панель позволяет получить быстро, точно и надежно обнаружить присутствие вируса Эбола.

Для постановки реакции достаточно 20 нг ДНК – 10 нг на 1 пул праймеров (всего для амплификации библиотеки используется 2 пула праймеров). Первый пул содержит 78 ампликонов, а второй – 72 ампликона.

Панели, разработанные пользователями Ion Torrent
В разделе представлено более 40 панелей, разработанных пользователями ресурса Ion Community. Все панели предназначены для работы с человеком https://ampliseq.com/panels/search.action?q=&searchFacetValues=%22Panel+Type%22%2C%22COMMUNITY_PANEL%22&offset=0&pageLength=30&sortCriterion.fieldName=&sortCriterion.descFlag=
Разработка собственной панели с помощью Ampliseq Designer
Помимо перечисленных выше готовых панелей, вы можете воспользоваться приложением Ampliseq Designer – оно позволит Вам создать свою собственную панель, отвечающую целям именно вашего исследования без лишних усилий. Узнать больше.

Задать дополнительные вопросы о панели AmpliSeq™ можно, обратившись в нашу службу поддержки.

Отправить запрос
* Содержание запроса:
* Название организации:

Подразделение/
кафедра/
лаборатория:

* Город(адрес):
* ФИО:
* E-mail:
Телефон:
Комментарий:
* Код: Введите код 

Отсылая данный запрос в компанию Химэксперт, Вы даете согласие на обработку Ваших персональных данных и их включение в базу данных в соответствии с законодательством Российской Федерации.

 
Обратная связь
* ФИО:
E-mail:
* Телефон:
* Сообщение: