Таргетное секвенирование - технология AmpliSeq

AmpliSeq™ - это технология ультрамультиплексной ПЦР сопряженная с последующим секвенированием. AmpliSeq™ - это оптимальный метод для массового скрининга большого количества мишеней. Панели AmpliSeq™ применимы для секвенирования инделов (до 50 п.о.) и SNP, групп генов, молекул РНК; существует панель для секвенирования экзома человека. Для поиска генетических вариантов и оценки экспрессии генов достаточно 10 нг ДНК/РНК на 1 реакцию.

Если раньше панели праймеров AmpliSeq™ были доступны только для пользователей платформ Ion Torrent, то теперь и пользователи платформы Illumina могут использовать их. Набор для приготовления ДНК библиотек – GenSeq™ Library Kit позволяет с легкостью делать это. Совместное использование панелей праймеров AmpliSeq™ с набором для приготовления ДНК библиотек – GenSeqTM Library Kit позволяют получить максимально выгодную цену за один образце при проведении таргетного секвенирования.

Технологии секвенирования нового поколения позволяют одновременно исследовать множество генов для поиска интересующих исследователя мутаций. Технология ультрамультиплексной ПЦР, сопряженная с последующим секвенированием AmpliSeq™ – это оптимальный метод для массового скрининга большого количества мишеней

Метод мультиплексной ПЦР, используемый технологией AmpliSeq™ - это максимально точный метод создания библиотек для таргетного секвенирования. В этом его главное преимущество перед другими наборами, как правило, использующими менее точную технологию гибридизации. А ведь правильная диагностика наследственных, онкологических и инфекционных заболеваний крайне важна – она помогает правильно подобрать лечение либо планировать беременность.

Таким образом, создание библиотек методом AmpliSeq™ с набром GenSeqTM Library Kit делает метод таргетного секвенирования простым, надежным, удобным (работа легко масшабируется – от работы с одним геном до работы с тысячами генов) и быстрым в использовании при решении рутинных и исследовательских задач.

Создание библиотек методом AmpliSeq™ применяется для широкого круга приложений:

  • секвенирование целых генов (или экзонов генов) для поиска новых полиморфизмов
  • анализ экспрессии РНК в мультиплексе
  • секвенирование геномов микроорганизмов
  • анализ копийности участков генома
  • поиск соматических мутаций
  • анализ мутаций, связанных с наследственными заболеваниями
  • секвенирование экзомов
  • секвенирование транскриптомов

Существует значительное количество готовых AmpliSeq™ панелей, доступных к использованию: для исследований человека в области наследственных заболеваний, онкологии, инфекционных заболеваний, микробиологии и фармакогеномики.

При помощи он-лайн ресурса Ion AmpliSeq™ Designer (ampliseq.com) можно сформировать собственную панель (on-demand panel) из множества представленных на сайте генов, ассоциированных с самыми распространенными в мире заболеваниями. Все панели такого типа прошли проверку в «мокрой» лаборатории.

Помимо этого можно создать и панель полностью пользовательской последовательности для любых видов живых организмов. В Ion AmpliSeq™ Designer уже представлены геномы человека 38 и 19 сборок, геномы мыши, курицы, коровы, свиньи, овцы, китайского хомячка, собаки, кукурузы, риса, сои и томата, также можно загрузить на ресурс любой другой геном в формате fasta и создать панель AmpliSeq™ для таргетного секвенирования этого вида.

Готовые панели AmpliSeq™для изучения ДНК:
Набор для секвенирования экзома Ion AmpliSeq™ Exome Panel (Hi-Q)

Панель содержит 293,903 ампликонов в 12 пулах, для секвенирования экзома человека. Для постановки реакции достаточно 20 нг ДНК – 10 нг на 1 пул праймеров.

Набор для секвенирования экзома Ion AmpliSeq™ Exome Panel

Панель содержит 293,903 ампликонов в 12 пулах, для секвенирования экзома человека. Для постановки реакции достаточно 20 нг ДНК – 10 нг на 1 пул праймеров.

Набор для определения личности HID-Ion AmpliSeq™ Identity Panel

Панель содержит 124 ампликона в 1 пуле. Панель оптимизирована для секвенирования ДНК деградированных образцов, позволяет эффективно проводить дискриминацию индивидов с похожими STR гаплотипами. Для постановки реакции достаточно всего 1 нг ДНК.

Набор для определения этногеографического происхождения индивида HID-Ion AmpliSeq™ Ancestry Panel

Панель содержит 168 ампликонов в 1 пуле. Панель оптимизирована для секвенирования ДНК деградированных образцов, позволяет эффективно определять континент происхождения образцов. Для постановки реакции достаточно всего 1 нг ДНК.

Готовые панели AmpliSeq™для изучения РНК
Набор для изучения транскриптома человека Ion AmpliSeq™Transcriptome Human Gene Expression Research Panel

Панель содержит 120 802 ампликона в 1 пуле. Панель оптимизирована для изучения экспрессии 20 800 генов, в том числе и 18 574 белок кодирующих и 2 228 не кодирующих генов.

Набор для изучения апоптоза Ion AmpliSeq™ RNA Apoptosis Panel

Панель содержит 267 ампликонов в 1 пуле. Панель оптимизирована для изучения 267 генов, вовлеченных в программируемую клеточную гибель.

Набор для онко исследований экспрессии генов Ion AmpliSeq™ RNA Cancer Panel

Панель содержит 50 ампликонов в 1 пуле. Панель оптимизирована для изучения экспрессии 50 онкогенов/генов-супрессоров опухоли.

Разработка собственной панели с помощью Ampliseq Designer
On-demand панели AmpliSeq

Помимо перечисленных выше готовых панелей, вы можете воспользоваться приложением Ampliseq Designer – оно позволит Вам создать свою собственную панель, отвечающую целям именно вашего исследования без лишних усилий для исследования заболеваний человека, на основе представленных в ресурсе генов, позиций, ассоциированных с широким кругом заболеваний. Узнать больше.

Custom панели AmpliSeq

Вы можете заказать создать дизайн любой интересующей вас панели для любого вида живых организмов. В том числе и заказать уже опробованные многочисленными пользователями IonCommunity панели – так называемые Community панели. Узнать больше.

Задать дополнительные вопросы о панели AmpliSeq™ можно, обратившись в нашу службу поддержки.

Отправить запрос
* Содержание запроса:
* Название организации:

Подразделение/
кафедра/
лаборатория:

* Город(адрес):
* ФИО:
* E-mail:
Телефон:
Комментарий:
* Код: Введите код 

Отсылая данный запрос в компанию Химэксперт, Вы даете согласие на обработку Ваших персональных данных и их включение в базу данных в соответствии с законодательством Российской Федерации.

 
Обратная связь
* ФИО:
E-mail:
* Телефон:
* Сообщение: