Анализ метилирования ДНК

Метилирование ДНК — это модификация молекулы ДНК без изменения самой нуклеотидной последовательности ДНК, что можно рассматривать как часть эпигенетической составляющей генома. Метилирование ДНК заключается в присоединении метильной группы к цитозину в составе CpG-динуклеотида в позиции С5 цитозинового кольца.

У человека метилировано около 1 % геномной ДНК. Метилирование ДНК контролирует все генетические процессы (репликация ДНК, репарация, рекомбинация, транскрипция и др.). Нарушение метилирования ДНК и искажение других эпигенетических сигналов приводят к преждевременному старению и таким заболеваниям, как рак, диабет, астма, различные тяжелые психические расстройства и др. Профиль метилирования ДНК изменяется при канцерогенезе, служит надежным диагностическим признаком разных форм рака уже на ранних этапах канцерогенеза.

Таким образом, исследование профиля метилирования может использоваться и в диагностике – для раннего определения различных заболеваний. Так, согласно результатам некоторых исследований, нарушения статуса метилирования возникают задолго до развития клинически выраженного рака. Следовательно, изучение эпигенетического статуса генома при раке является необходимым элементом для более полного понимания механизмов злокачественной трансформации и для выявления нового поколения биомаркеров с целью ранней диагностики онкологических заболеваний.

В настоящее время разработано множество методов исследования статуса метилирования ДНК, в основе которых лежат различные подходы, основанные на применении химической модификации цитозиновых оснований, метилчувствительных рестриктаз, реакции иммунопреципитации метилированной ДНК и других методов.

В основе большинства методов анализа статуса метилирования ДНК лежит бисульфитная обработка ДНК, в основе которой лежит конверсия неметилированного цитозина на урацил, в результате инкубации с бисульфитом. Затем, как правило, проводится метил-специфичная ПЦР с праймерами на метилированную и неметилированную последовательности ДНК, амплификаты должны быть клонированы с последующим секвенированием. Этот метод позволяет проводить исследование аллель-специфичного метилирования. Однако необходимо секвенировать множество клонов для оценки уровня метилирования определенного локуса.

Наборы для обработки ДНК и ПО для подбора праймеров для анализа метилирования представлены ниже:

Methyl Primer Express® Software v1.0

Methyl Primer Express® Software v1.0 – бесплатное программное обеспечение, которое позволит Вам получить дизайн праймеров для экспериментов связанных с выяснением статуса метилирования: просто вставьте в программу интересующую Вас последовательность ДНК.

Methyl Primer Express® Software v1.0 позволит Вам:

- просто получать надежные праймеры
- аннотировать начало транскрипции и стартовый кодон трансляции
- предсказывать расположение CpG обогащенных островков в Вашем сиквенсе (для конверсии ДНК необходимо, чтобы она была полностью денатурирована. CpG-богатые последовательности особенно трудно денатурируются, что приводит к неполной конверсии и ложноположительным результатам)
и многое другое.


Подробнее
MethylCode™ Bisulfite Conversion Kit

Набор предназначен для быстрой и простой замены неметилированного цитозина на урацил, в то время как метилированный урацил остается неизменным. Такая модификация идеальна для последующего проведения анализа методом ПЦР в реальном времени, секвенирования или анализа микрочипов.

Преимущества метода

– простая и быстрая детекция позиций метилирования
– воспроизводимость результатов
– ультра-чистая ДНК, которая идеально подходит для последующего молекулярно-генетического анализа

Формат
  • 50 реакций - каталожный номер MECOV50

Подробнее
Cells-to-CpG™ Bisulfite Conversion Kit

Набор предназначен для выявления статуса метилирования ДНК с помощью бисульфитного метода. Принцип работы метода в следующем: ДНК обрабатывается бисульфитом, в результате неметилированный цитозин становится урацилом, а метилированный цитозин не изменяется. Набор содержит все необходимое для бисульфитной обработки 50 образцов. Дальнейший метод анализа обработанной таким образом ДНК зависит от задач исследования: ПЦР в реальном времени, секвенирование по Сенгеру или анализ на микрочипах.

Преимущества

Упрощенный рабочий процесс и возможность работы с ДНК, полученной из различных источников (клетки, ткани, кровь, образцы, фиксированные в формалине или парафине).

Формат
  • 192 реакции - каталожный номер 4445554
  • 50 реакции - каталожный номер 4445555

Подробнее
Cells-to-CpG™ Bisulfite Conversion & Quantitation Control Kit

Набор используется совместно с набором Cells-to-CpG™ Bisulfite Conversion Kit. В состав набора входит все необходимое для проверки результатов бисульфитной обработки: он содержит пробирку с необработанной ДНК человека (100 нг/мкл), используемого как внешний контроль, и пробирку с обработанной ДНК человека (10 нг/мкл), используемой для количественной оценки количества бисульфидно-конвертированной ДНК в образцах исследователя.

Формат
  • 1 набор - каталожный номер 4445553

Подробнее
Cells-to-CpG™ Methylated & Unmethylated gDNA Control Kit

Набор используется совместно с набором Cells-to-CpG™ Bisulfite Conversion Kit. Набор содержит метилированные ДНК стандарты с известным уровнем метилирования. Необходимо провести бисульфитную обработку стандартов, наравне с образцами, тогда станет возможно определить процентное содержание метилированной ДНК в Ваших образцах.

Формат
  • 1 набор - каталожный номер 4445552

Подробнее
EpiJET 5-hmC Enrichment Kit

Набор для анализа статуса метилирования ДНК. Принцип работы набора: он обеспечивает обогащение метилированной ДНК путем присоединения короткой линкерной молекулы к метильной группе. Затем, с использованием магнитных частиц посредством связывания биотина с линкерной молекулой, происходит разделение метилированной и неметилированной ДНК. Набор также содержит контрольную ДНК для оценки прохождения обогащения. После разделения с помощью набора дальнейшим анализ метилирования можно проводить любым из способов: ПЦР, кПЦР, секвенированием, анализом микрочипов, NGS.

Формат
  • 25 реакций - каталожный номер K1491BID

Подробнее
EpiJET Bisulfite Conversion Kit

Набор для анализа статуса метилирования ДНК. Принцип работы набора: бисульфитная конверсия ДНК – неметилированный цитозин дезаминируется и становится урацилом, в то время как метилированный цитозин остается неизменным. После обработки ДНК с помощью набора дальнейшим анализ метилирования можно проводить любым из способов: ПЦР, кПЦР, секвенированием, анализом микрочипов, NGS.

Формат
  • 50 реакций - каталожный номер K1461

Подробнее
MethylMiner™ Methylated DNA Enrichment Kit

Methylated DNA Enrichment Kit является готовым набором, позволяющим проводить обогащение ДНК, в зависимости от её статуса метилирования, для последующего анализа методом секвенирования (или методом ПЦР в реальном-времени, или для последующей бисульфитной конверсии) на генетическом анализаторе Applied Biosystems. Принцип работы набора основан на связывании метилированной ДНК из общего пула геномной ДНК с метил-CpG-связывающий домен белка человека MBD2, который прикреплен на магнитные частицы Dynabeads® М-280 с помощью связи со стрептавидином. Далее метилированный сегмент ДНК может быть извлечен из раствора с помощью 2000 мМ NaCl буфера. В случае, если необходимо разделить метилированную ДНК на сильно и слабо метилированные участки, можно использовать элюирование с градиентом концентраций NaCl от 200 мМ до 2000 мМ. Фракции с более низкой концентрацией соли будут содержать слабо метилированную ДНК. Чем выше концентрация соли, тем более сильно метилированная ДНК в ней содержится. Дальнейший метод анализа обогащенной ДНК зависит от целей исследования: ПЦР в реальном времени, секвенирование по Сенгеру, анализ на микрочипах или бисульфитная конверсия. Набор предназначен на 25 обогащений.

Преимущества метода

- высокая чувствительность (большая, чем у методов с использованием антител)
- быстрое и легкое элюирование снимает необходимость в использовании протеиназы К и фенол-хлороформном выделении
- быстрый протокол (работа займет не более 4 часов)

Формат
  • 1 набор - каталожный номер ME10025

Подробнее

Отправить запрос
* Содержание запроса:
* Название организации:

Подразделение/
кафедра/
лаборатория:

* Город(адрес):
* ФИО:
* E-mail:
Телефон:
Комментарий:
* Код: Введите код 

Отсылая данный запрос в компанию Химэксперт, Вы даете согласие на обработку Ваших персональных данных и их включение в базу данных в соответствии с законодательством Российской Федерации.

 
Обратная связь
* ФИО:
E-mail:
* Телефон:
* Сообщение: