Personal Genome Machine (PGM)

Решения для целевого секвенирования с системой Ion PGM™ - точность, быстрота, масштабируемость.

Ion PGM™ System – это надежная платформа для секвенирования, которая сочетает простые решения для подготовки образцов и анализа данных с возможностью изменения производительности, определяемое выбором чипа, что обеспечивает большую гибкость для осуществления любого исследовательского проекта.

Прибор PGM предназначен для одновременного секвенирования большого количества (от 100 000 до 1 млн.) отдельных фрагментов ДНК. Эти фрагменты независимым друг от друга образом амплифицируются на поверхности микросфер (одна микросфера на один исходный фрагмент ДНК) посредством эмульсионной ПЦР. Микросферы в виде взвеси наносятся на поверхность полупроводникового микрочипа. Поверхность микрочипа содержит большое количество лунок, размер которых позволяет вместить одну микросферу с ДНК.

Загруженный микросферами полупроводниковый микрочип помещается в прибор PGM, который в автоматическом режиме осуществляет подачу нужных реактивов (природные дезоксинуклеотидтрифосфаты и ДНК-полимераза) и регистрирует сигналы, поступающие из каждой лунки микрочипа.

Метод секвенирования: последовательное удлинение олигонуклеотидной затравки ДНК-полимеразой с одновременной регистрацией локального изменения рН в результате встраивания нуклеотидов.

Преимущества:

1. Точность
Точное определение исследуемых мутаций, в том числе в последовательностях, трудно поддающихся секвенированию

2. Минимальное количество образца
Возможность исследования ценных образцов – для анализа необходимо всего лишь 10нг ДНК или 5нг РНК

3. Масштабируемость
Исследование сотен генов одновременно за счет ультрамультиплексной ПЦР, позволяющей использовать вплоть до 6144 пар праймеров в одной пробирке.

4. Быстрота
Анализ образцов, требующих срочных результатов, с получением готовых аннотированных мутаций всего за один день.

Характеристики Ion PGMTM
Производительность п.н.:

Приложения: малые геномы, наборы геномов, малые РНК, экспрессия генов, митохондриальная ДНК, анализ SNP, HLA типирование, ChIP Seq, анализ метелирования ДНК, анализ метагеномов по генам 165рРНК, de novo секвенирование

Длина прочтения: до 400 п.о.

Число образцов: до 384

Обработка данных: сборка геномов de novo, картирование фрагментов ДНК на референсный геном

Время секвенирования: 1,5 часа (при длине прочтения 100п.о.)

Вес (кг): ≈30

Размер (мм): 610х510х530

Основные технические характеристики:

  • Однородное покрытие секвенируемой последовательности вне зависимости от GC-состава ДНК;
  • Длина индивидуального прочтения 200 – 400 пар нуклеотидов;
  • Точность – более 99.9% (Q30);
  • Длительность одного запуска прибора при прочтении фрагментов длиной 200 пар нуклеотидных остатков – менее 2 часов;
  • Для работы прибора необходимы также баллоны с аргоном и ультрачистая вода (MilliQ).

Программное обеспечение:

Возможно приобретение различного программного обеспечения для обработки полученных результатов биоинформационными методами.

Требуемая мощность сети: max 9A

Требования к компьютеру:

Высокопроизводительная компьютерная станция компании Dell Precision T7500 Tower, операционная система Ubuntu Linux, программный пакет Torrent Suite, два 6-ядерных процессора, NVIDIA GPU, 48 GB RAM, накопитель на 8 жестких дисках по 2 TB в составе массива RAID5.

Рабочие условия:

  • Температура 15 – 25 °С;
  • Влажность 40 – 60% (без конденсации).

Формат данных: FASTQ, SFF, BAM, VCF

Комплект поставки:

  • Секвенатор Personal Genome Machine (PGM);
  • Компьютерная станция Dell Precision T7500 tower для обработки информации и хранения результатов анализа.

 

Купить данную PGM-систему Вы можете оставив заявку на нашем сайте. По всем дополнительным вопросам — звоните.

Отправить запрос
* Содержание запроса:
* Название организации:

Подразделение/
кафедра/
лаборатория:

* Город(адрес):
* ФИО:
* E-mail:
Телефон:
Комментарий:
* Код: Введите код 

Отсылая данный запрос в компанию Химэксперт, Вы даете согласие на обработку Ваших персональных данных и их включение в базу данных в соответствии с законодательством Российской Федерации.

 
Обратная связь
* ФИО:
E-mail:
* Телефон:
* Сообщение: